昨日分に訂正があります。プログラムLAMMPSを製作管理しているのはLos Alamosではなくて、米国の Sandia 国立研究所とTemple大学でした。おわびします。Sandia国立研究所については来週紹介しましょう。
LAMMPSは、分子動力学と呼ばれる計算を行います。私が最近行った蒸着のシミュレーション例を示します。
700Kに設定 https://www.youtube.com/watch?v=F0Hi9NkacY8
100Kに設定 https://www.youtube.com/watch?v=-FVRxe3D5pM
実際と比較すると蒸着分子の速度はだいたいこれくらい、新たな分子が来る頻度は数桁大きいです。この計算はGPUで6時間かかりました。
（※youtube は自分のgoogle アカウントを使って簡単に作れます。google にログイン、youtubeにして、右上のカメラに＋のマークをクリックします。遠隔講義の録画を復習用に履修者に見せるために習得しました。上の動画は「限定公開」で検索に引っかかりません。視聴者を限定する「秘密公開」もできます。codecもそろっているようですし、動画の大きいファイルをメールで送らなくて済むのでディスカッションにも便利です）
動画の分子は、ベンゼン環がパラ位で６個くっついた6Pという有機半導体です。空中では立体障害を避けるためねじれていますが、グラファイト基板に到達すると平面に近くなるのが面白いですね。上記のように温度を指定してシミュレーションすることもできます。そのアルゴリズムは明日解説します。
LAMMPSのマニュアルは1800ページ以上あります。pdfだととても印刷できないし読めないと思いますが、html形式（web)でリンクをたどって読むと、必要なところは短期間で習得できることがわかりました（pdf500ぺージ分くらいは読んだと思います）
https://docs.lammps.org/Manual.html
分子動力学 molecular dynamics
訂正 correction
限定公開 limited access
シミュレーション simulation 綴り（日本語も英語も）をまちがえないように！
https://en.wikipedia.org/wiki/Molecular_dynamics から
trajectory 軌道 （orbitは周回軌道）
cumulative errors 「キュ」ムらティヴ 累積誤差
ergotic hypothesis エルゴート仮説（後日解説します）
equation of motion 運動方程式
retrospective
…in an atempt to ameliorate structure-based drug discovery modeling, vis-a-vis the need for many modeled comounds,… to discern critical intermolecular contacts…
ameliorate 改善する
vis-a-vis ヴィザヴィ ～に対する フランス語ですが、visが何かは調査中。vivre生きる, voir見る の活用形にvisがあり、名詞で vis は「ねじ」
小ねじを「ビス」というのはフランス語のvisが語源だそうです。
t^ete-a-t^ete テタテ 内密の、差し向かいの、二人だけの（外交用語） t^ete はフランス語で「頭」
discern 識別する ディ「サ」ーン level 6
constraints 制約